Die SGG ist ein Verein gemäss Schweizerischem Zivilgesetzbuch. Ihr höchstes Organ ist die Generalversammlung. Sie wählt den Präsidenten / die Präsidentin und die Mitglieder des Vorstandes. Jedes Vorstandsmitglied steht einer Abteilung vor. Für die Publikationen der SGG sind die Redaktionen zuständig. Im Gesellschaftsrat koordiniert sich die SGG mit geschichtswissenschaftlichen Fachvereinigungen, die ihr als Sektionen assoziiert sind.
Für die Organisation und die Administration der Gesellschaft ist das Generalsekretariat zuständig. Der Präsident / die Präsidentin und der Generalsekretär / die Generalsekretärin bilden zusammen das operative Organ der SGG, das «Büro».
